W rozpoznaniu różnicowym wodniaka jądra bierze się pod uwagę :

Zanim urolog postawi rozpoznanie, że powiększenie moszny jest wodniakiem jądra konieczne jest wykluczenie innych schorzeń mogących imitować wodniaka jądra. Do najczęściej występujących patologii przebiegających z powiększeniem moszny zalicza się :

przepuklina mosznowa – z reguły udaje się wybadać u pacjenta wrota przepukliny, często udaje się odprowadzić zawartość moszny do jamy brzusznej
rak jądra
zapalenie jądra – skóra moszny jest z reguły zaczerwieniona, jądro bolesne
obrzęki w przebiegu niewydolności serca